La paroisse de Saint-Clément fut fondée en 1844. Il faut attendre le 11 mars 1874 pour voir la création de la commune de Saint-Clément-des-Baleines, regroupant les cinq hameaux jusqu'alors appelés les « villages d'Ars ».
L'économie du village était principalement fondée sur le sel et le vin.
Aujourd'hui, la commune compte 731 villageois.
Saint Clément des Baleines vous accueille avec ses plages où les baigneurs, véliplanchistes et pêcheurs à pied pourront s'y donner à cœur joie, et ses pistes cyclables qui vous permettront de parcourir les marais salants et d'approcher la réserve ornithologique de Lilleau des Niges. Équitation, poney club, tennis et mini-golf compléteront les activités.